W następnym roku papież Paweł III mianował Fishera kardynałem prezbiterem z tytułem S. Vitale. Biorąc odwet za to, Henryk VIII skazał Fishera na ścięcie. Na pół godziny przed egzekucją otworzył po raz ostatni księgę Nowego Testamentu. Jego uwagę zwróciły następujące słowa z Ewangelii św. Jana: „A to jest życie wieczne: aby znali Ciebie, jedynego prawdziwego Boga oraz Tego, którego posłałeś, Jezusa Chrystusa. Ja Ciebie otoczyłem chwałą na ziemi przez to, że wypełniłem dzieło, które Mi dałeś do wykonania. A teraz Ty, Ojcze, otocz mnie u siebie tą chwałą, którą miałem u Ciebie pierwej zanim świat powstał” (J 17, 3-5). Zamknąwszy księgę Fisher rzekł: „Wystarczy tej nauki, aby wytrzymać przez resztę mego życia”.
Publikacje Treatise concernynge... the seven penytencyall Psalms (Londyn, 1508); Sermon... agayn ye pernicyous doctrin of Martin Luther (Londyn, 1521); Defensio Henrici VIII (Cologne, 1525); De Veritate Corporis et Sanguinis Christi in Eucharistia, adversus Johannem Oecolampadium (Cologne, 1527); De Causa Matrimonii... Henrici VIII cum Catharina Aragonensi (Alcalá de Henares, 1530); The Wayes to Perfect Religion (Londyn, 1535); A Spirituall Consolation written...