14 października 1958 został zwolniony dyscyplinarnie z organów bezpieczeństwa za próbę ochrony funkcjonariuszy oskarżonych o kolportaż nielegalnych wydawnictw. Innym powodem zwolnienia Ciastonia ze stanowiska było jego sympatyzowanie z Natolińczykami, był uważany za nieformalnego przywódcę frakcji pronatolińskiej w MSW.
W latach 1959–1971 był pracownikiem Instytutu Maszyn Matematycznych Polskiej Akademii Nauk. W 1970 uzyskał stopień doktora nauk technicznych w zakresie chemii na Wydziale Chemicznym Politechniki Warszawskiej. 1 czerwca 1971 został zrehabilitowany i przywrócony do służby w organach bezpieczeństwa PRL. W latach 1971–1979 pełnił funkcję wicedyrektora Departamentu III Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, a w latach 1979-1981 dyrektora Departamentu V MSW. Szef Służby Bezpieczeństwa w latach 1981–1986, podsekretarz stanu w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych. 16 sierpnia 1980 został mianowany zastępcą szefa sztabu MSW do kierowania operacją „Lato-80”.