Organy kierownicze Najwyższym organem kierowniczym OSŻD jest Narada Ministrów. Narada Ministrów rozpatruje i podejmuje decyzje na szczeblu rządowym we wszystkich kwestiach związanych z kierunkami działalności OSŻD, z uwzględnieniem propozycji Konferencji Dyrektorów Generalnych (pełnomocnych przedstawicieli) Kolei OSŻD.
Organem zarządzającym na poziomie przedsiębiorstw kolejowych jest Konferencja Dyrektorów Generalnych (pełnomocnych przedstawicieli) kolei OSŻD (KGD). Konferencja organizuje prace i podejmuje decyzje w sprawach związanych z kierunkami działalności OSŻD w ramach kompetencji kolei i przedsiębiorstw kolejowych.
Narada Ministrów i Konferencja w zakresie swoich kompetencji podejmują decyzje dotyczące działalności OSŻD i jej organu wykonawczego - Komitetu OSŻD, w tym tworzenia organów roboczych i innych struktur Organizacji, określania zadań i programu prac organów roboczych.
Wyjątkowość OSŻD polega na tym, że w ramach jednej organizacji współpracują państwowe organy wykonawcze odpowiedzialne za transport kolejowy i podmioty gospodarcze w postaci przedsiębiorstw kolejowych. Pozwala to na połączenie w jedną organizację całego kompleksu podmiotów zaangażowanych w proces tworzenia prawa, a następnie w jego stosowania.