Po zajęciu Polski przez Armię Czerwoną w powiecie chrzanowskim, na terenie którego znajdują się Płoki, komuniści wzmocnili swoje wpływy. Stąd rekrutowali się pracownicy UB i aktywiści lokalni – miejscowa komórka PPR wystąpiła z wnioskiem o przyłączenie Polski do ZSRR. Ksiądz stał się celem ataków PPR-owców. Zaczął otrzymywać pogróżki.
Śmierć „Wyrok” Wyrok na Michała Rapacza wydano prawdopodobnie w kwietniu 1946 na zebraniu partii komunistycznej w Trzebini. Ksiądz został ostrzeżony przez jednego z uczestników tego zebrania (za pośrednictwem leśniczego), jak również przez dwóch innych parafian. Namawiano go, aby opuścił Płoki, lecz ksiądz odmówił powołując się na obowiązek duszpasterski i sumienie. Mówił na jednym z ostatnich kazań:
Morderstwo W nocy z 11 na 12 maja 1946 (sobota-niedziela) do budynku plebanii wtargnęła bojówka złożona z komunistycznych działaczy w liczbie około 20. Świadkiem napadu była Katarzyna Kutryba, siostra księdza, która prowadziła mu gospodarstwo. Zamknięta w swoim pokoju przez napastników słyszała głośniejsze wypowiedzi księdza. Wynika z nich, że prawdopodobnie odczytano mu wyrok śmierci, a wyprowadzany z plebanii powtarzał Niech się dzieje Twoja wola, Panie. Ksiądz Rapacz najpierw ciągnięty na powrozie wokół kościoła, bity, został wzięty do oddalonego o ok. 1 km lasu.