Podobnie jak inne szkoły prowadzone przez Kościół była poddawana szykanom. W roku 1949, ze względów politycznych Liceum pozbawiono praw państwowych. Nauka nie została jednak przerwana. Uczniowie musieli eksternistycznie zdawać egzamin dojrzałości przed komisją państwową w wyznaczonych szkołach. Dopiero w roku 1981 przyznano szkole okresowo prawa państwowe. W dziesięć lat później Liceum Ogólnokształcące im. św. Stanisława Kostki odzyskało pełne przywileje szkoły na prawach państwowych. Od września 1998, szkoła miała siedzibę w miejscowości Sikórz, aby we wrześniu 2017 powrócić do byłej siedziby w Płocku.
W 2006 Niższe Seminarium Duchowne w Płocku obchodziło 90-lecie istnienia. Z tej okazji wydana została między innymi okolicznościowa książka mówiąca o historii szkoły pod red. ks. Tomasza Kadzińskiego pt. "Pamięć i przesłanie. W 90-lecie Niższego Seminarium Duchownego w Płocku", Płock 2006. W 2009 roku zmieniono nazwę szkoły na Katolickie Liceum Ogólnokształcące im. św. Stanisława Kostki. KLO jest szkołą koedukacyjną. Internat szkoły kontynuuje działalność Niższego Seminarium Duchownego Diecezji Płockiej.