Rozgrywka Na początku rozgrywki gracz wybiera, którą rasę będzie prowadzić w grze, wybiera także liczbę komputerowych przeciwników (od 1 do 5). Każda z ras ma swoją specjalizację, jak np. szybka produkcja żywności, większy przyrost naturalny czy szybszy rozwój technologiczny, a także zdefiniowane wstępne stosunki z innymi rasami. Gra odbywa się w turach, a jedna tura symbolizuje jeden rok w świecie gryhttp://www.giantbomb.com/master-of-orion/3030-11342/ – sekcja „Gameplay”.. Na grę składa się wiele elementów – budowa floty kosmicznej, kolonizacja i rozwój planet, a także rozwijanie stosunków dyplomatycznych z innymi rasami w kosmosie.
Mapa galaktyki Główna część rozgrywki przebiega na dwuwymiarowej mapie galaktyki, na której zaznaczone są układy planetarne. Na niej gracz steruje swoimi statkami kosmicznymi, z niej też wchodzi w obraz posiadanych przez siebie planet. W grze wszystkie planety są widoczne od samego początku. Kolonizacja planety wymaga wysłania odpowiednich statków w jej obszar. Planety różnią się pod kątem przydatności do zamieszkania – są one podzielone na kilka typów, np.