Jej miejsce zajęła Unia Afrykańska, w swoich założeniach po części wzorująca się na Unii Europejskiej.

Organy Naczelnym organem OJA było Zgromadzenie Szefów Państw i Rządów, zbierające się raz w roku. Każde państwo dysponowało w nim jednym głosem. Do podjęcia decyzji potrzeba było 2/3 wszystkich oddanych głosów, przy czym posiedzenie ZSPiR było prawomocne, jeżeli przybyło na nie 2/3 wszystkich państw.

Działalność Już na konferencji założycielskiej w 1963 roku przyjęto rezolucję, iż OJA będzie zwalczać wszelkie formy kolonializmu na kontynencie, ponieważ uznano go za zagrożenie dla pokoju w regionie. Zapowiedziano pomoc narodom kolonialnym w ich walce o wyzwolenie. W 1966 OJA powołała w Dar es Salaam tzw. Komitet Wyzwolenia, mającego udzielać pomocy, także finansowej, ruchom narodowowyzwoleńczym. Od chwili powstania OJA ostro potępiała RPA za politykę apartheidu, nie prowadziła z nią rozmów, ani nie utrzymywała stosunków dyplomatycznych. W 1971 roku w OJA wybuchł kryzys – 13 państw organizacji chciało podjęcia dialogu z RPA. Propozycja ta została potępiona przez OJA. W 1975 roku podjęto decyzję o ostatecznym porzuceniu koncepcji rozwiązania sytuacji na południu drogą militarną.