Historia Seminarium zostało erygowane 1 sierpnia 2004 roku przez pierwszego biskupa bydgoskiego Jana Tyrawę. Było to konsekwencją powołania z dniem 25 marca 2004 roku przez papieża Jana Pawła II Diecezji bydgoskiej utworzonej z fragmentów dotychczasowych: archidiecezji gnieźnieńskiej, diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej i diecezji pelplińskiej. Pierwszym rektorem seminarium został ks. dr Wojciech Szukalski, prefektem ks. lic. mgr Tomasz Kalociński, a Ojcem Duchownym ks. prał. Janusz Mnichowskihttp://bydgoskieseminarium.pl/o-seminarium/ dostęp 04-07-2017.
Pierwszy rok akademicki 2004/2005, alumni rozpoczęli w pomieszczeniach udostępnionych przez Zgromadzenie Ducha Świętego przy al. Jana Pawła II w Bydgoszczy. W 2007 roku pozyskano budynek przy ul. Grodzkiej 18-22, który po odpowiednim przystosowaniu stał się stałą siedzibą uczelni. Od 2009 roku w gmachu seminarium ma swoją siedzibę również Prymasowski Instytut Kultury Chrześcijańskiej, który wraz z seminarium współtworzy Sekcję Bydgoską Wydziału Teologicznego Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza.