Z jego planów nic jednak nie wyszło, gdyż młoda hrabina poślubiła w styczniu 1212 r. w Paryżu swojego odległego kuzyna, infanta Ferdynanda (24 marca 1188 – 27 lipca 1233), młodszego syna króla Portugalii Sancha I Kolonizatora i Dulce Berenguer, córki Ramona Berenguera IV, hrabiego Barcelony. Małżonkowie nie mieli razem dzieci.
Podczas ich podróży do Flandrii Ferdynand i Joanna zostali napadnięci i uwięzieni przez kuzyna hrabiny, księcia Ludwika Francuskiego, syna Filipa Augusta i jego pierwszej żony, Izabelli z Hainaut, ciotki Joanny. Ludwik domagał się zwrotu wiana swojej matki, Artois, które jego ojciec zwrócił w 1200 r. hrabiom Flandrii. Małżonkowie odzyskali wolność dopiero po spełnieniu żądań francuskiego księcia.
Po przybyciu do Flandrii Ferdynand i Joanna związali się z wrogami króla Francji – królem Anglii Janem bez Ziemi i cesarzem Ottonem IV. Ferdynand wziął udział w wojnie 1214 r. i u boku cesarza brał udział w przegranej bitwie pod Bouvines 27 lipca 1214 r., gdzie dostał się do niewoli, w której spędził 12 lat.