W 1938 roku nurty doktrynalny i praktyczny połączyły się, powołując Komitet Tymczasowy Światowej Rady Kościołów.
W 1948 roku w Amsterdamie odbyło się I Zgromadzenie Ogólne, w którym wzięli udział przedstawiciele 147 Kościołów: 351 delegatów, głównie protestanckich i mniejszych starożytnych Kościołów orientalnych (przedchalcedońskich) z 44 krajów. W Zgromadzeniu brała też udział niewielka delegacja Patriarchatu Konstantynopola i Greckiego Kościoła Prawosławnego. Nie uczestniczyły w spotkaniu Rosyjski Kościół Prawosławny i Kościół katolicki. Pierwsza sesja została oficjalnie zapoczątkowana ekumenicznym nabożeństwem, sprawowanym 22 sierpnia 1948 roku w Nieuwe KerkW.A. Visser't Hooft, The Genesis of the World Council of Churches, w: A History of The Ecumenical Movement 1517–1948, red. R. Rose, S. C. Neill, s. 719.. Wynikiem zjazdu było powołanie Światowej Rady Kościołów. Mimo iż w skład Rady weszli reprezentanci Patriarchatu Konstantynopola, Greckiego Kościoła Prawosławnego oraz Kościołów przedchalcedońskich i starokatolickich, jej skład przez prawie półtorej dekady pozostawał zdominowany przez przedstawicieli Kościołów protestanckich Europy Zachodniej i Ameryki Północnej, co niekorzystnie odbijało się na kierunku jej pracy ekumenicznej.