W 1995 roku wydał encyklikę Ut unum sint, która podsumowała trzy dekady działalności Kościoła rzymskokatolickiego na rzecz ekumenizmu. W dokumencie papież stwierdził, że Kościół rzymskokatolicki włączył się w dzieło pojednania chrześcijan, pozostał przy tym na stanowisku odnośnie do prawdy i uświęcenia, przyjętym na II Soborze Watykańskim. Ogłoszona w 2000 roku przez Kongregację Nauki Wiary deklaracja Dominus IesusKongregacja Nauki Wiary, Deklaracja „Dominus Iesus” o jedyności i powszechności zbawczej Jezusa Chrystusa i Kościoła, Fundacja „Opoka”. wykazała trudności, jakie sprawia uznanie przez Kościół rzymskokatolicki wspólnot protestanckich za Kościoły.
Ekumenizm na szczeblu lokalnym thumb|Nabożeństwo ekumeniczne celebrowane przez przedstawicieli Kościołów rzymskokatolickiego i ewangelickiego w Jaworzu na Śląsku Cieszyńskim z okazji dożynek w 2018 roku. Pierwsze próby nawiązania pracy na szczeblu regionalnym w ramach ruchu ekumenicznego pojawiły się pod koniec lat pięćdziesiątych XX wieku. Na określonym obszarze geograficznym zawiązywały się ekumeniczne konferencje regionalne, zrzeszające Kościoły różnych wyznań oraz zajmujące się problematyką w skali danego regionu. W skład ekumenicznych konferencji regionalnych przyjmowane są także Kościoły, nienależące do Światowej Rady Kościołów.