Obrońcy oskarżonych wnosili o zmianę trybu postępowania, lecz wniosek nie został uwzględniony przez prezesa Sądu Wojewódzkiego w Warszawie.
Skład orzekający Sądu Wojewódzkiego: Roman Kryże (przewodniczący składu sędziowskiego, sędzia Sądu Najwyższego delegowany do sprawy), Kazimierz Gerczak i Faustyn Wołek. Oskarżyciele: Alfred Policha i Eugeniusz Wojnar. Obrońcy: Krzysztof Łada-Bieńkowski (obrońca Stanisława Wawrzeckiego), Stanisław Dryjski, Andrzej Mirski, Zofia Wajdowa i Jacek Wasilewski.
Oskarżyciele wnieśli o trzy kary śmierci. Sąd Wojewódzki dla miasta Warszawy orzekł w wyroku wydanym 2 lutego 1965 jedną – wobec Stanisława Wawrzeckiego – która została wykonana 19 marca 1965 przez powieszenie w więzieniu na ulicy Rakowieckiej 37 w Warszawie (zobacz Sądzi Kryże – będą krzyże i mord sądowy). Czterech innych dyrektorów skazano na karę dożywotniego więzienia, a pozostali podsądni zostali skazani na kary od 9 do 12 lat więzienia. Orzeczono też przepadek mienia i wysokie grzywny.