Według niemieckiego historyka Gerda Althoffa istnieje kilka wyjaśnień takiego stanu rzeczy: możni i biskupi obawiali się długiego okresu, w którym władzę sprawowałby nieprzygotowany do rządzenia małoletni Otton III, a sytuacja na granicy słowiańskiej i w Italii wymagała sprawnych i skutecznych rządów. Problem z objęciem władzy potęgował książę bawarski Henryk II Kłótnik, będący najbliższym męskim krewnym Ottona III.
Początkowo opiekunem i regentem w imieniu Ottona III był Henryk Kłótnik. W 985 roku regentką została jego matka, Teofano, i pozostawała nią do swej śmierci w 991 roku. Następnie jego babka (matka Ottona II), Święta Adelajda rządziła jako regentka. We wrześniu 994 roku Otton III objął samodzielne rządy. Według Gerda Althoffa przekazywanie władzy Ottonowi III było procesem stopniowym.
Otton III odebrał staranne wykształcenie – potrafił czytać i pisać, ponadto znał dzieła antyczne i święte księgi, mówił po łacinie (prawdopodobnie znał także grekę) oraz zyskał biegłość w teologii, filozofii, historii i prawie. Prawdopodobnie późniejsze określenie mirabilia mundi („cud świata”) odnosi się do jego erudycji. Nauczycielami Ottona III byli zatrudnieni przez Teofano grafowie Hoika i Bernward (późniejszy biskup Hildesheim).