Po zakończeniu sezonu 1999/2000 van Marwijk został zatrudniony w Feyenoordzie i od tego czasu zespół zaczął upadać. System szkoleniowy nie sprawdzał się, a piłkarze którzy przyszli do Fortuny nie prezentowali wysokich umiejętności. Efektem tego był spadek z Eredivisie w 2001 roku, a klub zaczął przeżywać kłopoty finansowe. Światełko pojawiło się w 2003 roku, gdy kibice klubu wygrywając na loterii przeznaczyli część pieniędzy na klub.
W sezonie 2005/2006 klub pobił nowy niechlubny rekord w historii ligi holenderskiej, gdy nie potrafił wygrać przez 28 ligowych meczów, a do tego trzykrotnie z rzędu zajmował ostatnią pozycję w drugiej lidze.
Sukcesy Eerste divisie mistrzostwo (4): 1958/1959, 1963/1964, 1965/1966, 1994/1995 Puchar Holandii zwycięstwo (2): 1957, 1964 finał (2): 1984, 1999
Europejskie puchary
Sezon Rozgrywki Runda Przeciwnik Dom Wyjazd Ogólnie 1964/65 Puchar Zdobywców Pucharów 1R Torino FC 2–2 1–3 3–5 1984/85 Puchar Zdobywców Pucharów 1R Kjøbenhavns Boldklub 3–0 0–0 3–0 1/8 Wisła Kraków 2–0 1–2 3–2 1/4 Everton 0–2 0–3 0–5 1998 Puchar Intertoto 3R Worskła Połtawa 3–0 2–2 5–2 1/2 Austria Salzburg 2–1 1–3 3–4