Zasada działania W wodzie poddanej działaniu pola magnetycznego zahamowana zostaje krystalizacja węglanów (głównie kalcytu) w wyniku zainicjowania konkurencyjnego procesu, aktywacji koloidalnego roztworu krzemionki, która następnie absorbuje jony wapnia, magnezu i innych metali i wytrąca się jako bezpostaciowy skoagulowany aglomerat (aragonit). Prawdopodobnym mechanizmem aktywacji krzemionki koloidalnej jest deformacja warstwy rozmytej pod wpływem siły Lorentza, co prowadzi do zwiększonego stężenia kationów w warstwie absorpcyjnej ujemnie naładowanej krzemionki.
Kontrowersje Efektywność tego typu urządzeń jest przedmiotem kontrowersji od lat 50. XX w. W biuletynie technicznym "Magnetic Water Treatment" opracowanym przez U.S. Army Corps of Engineers w 2001 roku stwierdzono brak efektywności magnetyzerów jako urządzeń ograniczających osadzanie się kamienia kotłowego. Niektóre stany USA i prowincje Kanady zabroniły sprzedaży niektórych tego typów urządzeń, bądź wydały ostrzeżenia dla konsumentów stwierdzające, że urządzenia te nie działają.