Po rozstaniu z Anderlechtem Goethals prowadził krótko francuski Girondins Bordeaux oraz brazylijskie São Paulo FC.

W 1981 roku został trenerem Standardu Liège i rozpoczął jeden z najświetniejszych okresów w historii tego klubu. Odzyskał po jedenastu latach tytuł mistrza kraju, który drużyna obroniła w dwu kolejnych sezonach, a w rozgrywkach 1981–1982 wprowadził klub do pierwszego finału europejskich pucharów. W decydującym meczu Pucharu Zdobywców Pucharów jego podopieczni ulegli 1:2 FC Barcelonie.

W 1987 roku po raz drugi w karierze zawitał do RSC Anderlechtu, a niecałe dwa lata spędzone w tym klubie okraszone zostały zdobyciem dwu Pucharów Belgii. Od 1989 datuje się francuski etap szkoleniowej kariery Goethelsa. Ponownie został szkoleniowcem Girondins Bordeaux, a po zakończeniu sezonu, w którym zdobył wicemistrzostwo kraju, otrzymał propozycję pracy w budowanym przez Bernarda Tapie Olympique Marsylia. W Marsylii pracował do 1993 roku;