Od 1 sierpnia 2006 roku komunikacja miejska w Krakowie funkcjonuje na zupełnie innych zasadach, w których rozdzielona jest rola organizatora od przewoźników, a MPK SA w Krakowie stało się przewoźnikiem, przekazując kompetencje organizacyjne do nowo utworzonego Zarządu Dróg i Transportu, zastąpionego później przez Zarząd Infrastruktury Komunalnej i Transportu, który 1 listopada 2018 został zastąpiony przez Zarząd Transportu Publicznego w Krakowie.
Działalność page=1|mały|Dowód sprzedaży biletu okresowego MPK w Krakowie
Do 31 lipca 2006 roku Do 31 lipca 2006 roku MPK SA było zarówno organizatorem transportu zbiorowego w mieście, jak i przewoźnikiem. Do kompetencji spółki należało: ustalanie liczby i przebiegu linii autobusowych oraz tramwajowych, dobór częstotliwości kursowania na poszczególnych liniach, układanie rozkładów jazdy, lokalizacja przystanków, przydział taboru do linii, wykonywanie przewozów na liniach autobusowych i tramwajowych, dystrybucja i kontrola biletów, zarządzanie miejską infrastrukturą transportu publicznego.
Dochody spółki stanowiła sprzedaż biletów oraz dofinansowanie Gminy Miejskiej Kraków.