Zmiana sytuacji politycznej po sfałszowanych wyborach do sejmu w 1947 roku spowodowała zwiększenie napięć między redakcją pod przewodnictwem ks. Kaczyńskiego a władzami. Urząd Kontroli Prasy wzmógł kontrolę artykułów mających się ukazać w „Tygodniku”. Poglądy prezentowane w „Tygodniku Warszawskim” były ostro atakowane w prasie rządowej. Sprzyjały temu powojenne postawy opozycyjne oraz działalność niepodległościowa w czasie wojny osób związanych z „Tygodnikiem” (m.in. W. Chrzanowski, A. Grabowski, J. Braun). W „Głosie Ludu” ukazał się w 1947 wymierzony przeciw Braunowi artykuł pt. Hitlerowiec chce zabierać głos. Środowisko „Tygodnika” było rozpracowywane przez UB w ramach operacji „Miecz”. Ponadto akcja pod kryptonimem „Haga” doprowadziła do odkrycia programu politycznego Unii u ks. Antoniego Marchewki, redaktora naczelnego „Niedzieli”. Jako pierwszych aresztowano ks. Edwarda Grzechnika (w maju 1947), Hannę Iłowiecką (w marcu 1948 w związku ze sprawą Adama Doboszyńskiego) i Kazimierza Studentowicza (w lipcu 1948 przy próbie przekroczenia granicy). 31 sierpnia 1948 roku płk Julia Brystygier z MBP wydała polecenie zrewidowania pomieszczeń redakcji „Tygodnika” oraz mieszkań jego redaktorów i współpracowników, których następnie aresztowano.