W 1855 roku brytyjskim protektoratem został Johor, w 1874 Selangor, w 1876 Perak, w 1888 Negeri Sembilan i Pahang. W 1896 roku Negeri Sembilan, Pahang, Perak i Selangor zostały połączone w Sfederowane Stany Malajskie (ang. Federated Malay States)Malay States.. W roku tym Malaje Brytyjskie obejmowały zatem trzy osobne posiadłości: Straits Settlements, Johor oraz Sfederowane Stany Malajskie. W 1906 do Straits Settlements przyłączony został Labuan znajdujący się u wybrzeży Borneo, natomiast w 1909 protektoratami brytyjskimi zostały, uzyskane od Syjamu, stany Kedah, Kelantan, Perlis i Terengganu (te cztery protektoraty oraz Johor zwane były odtąd nieformalnie Niesfederowanymi Stanami Malajskimi). Ponadto w 1886 pod administracją Straits Settlements znalazły się Wyspy Kokosowe (od 1903 jako dependencja Singapuru)Cocos (Keeling) Islands., a w 1900 dependencją Singapuru stała się Wyspa Bożego NarodzeniaChristmas Island., zaś w 1935 odłączono od nich Dinding i przyłączono do Peraku. Brytyjczycy przejęli kontrolę nad gospodarką Malajów i nałożyli podatki na towary eksportowe tj. cynę i kauczuk, będące podstawą gospodarki Malajów. Doprowadziło to do znacznego wzrostu ubóstwa mieszkańców krajuWendy Khadijah Moore, Malaysia a Pictorial History 1400–2004, ed. Dianne Buerger and Sharon Ham (n.p.: Archipelago Press, 2004), s. 194..