W 1996 Forman nakręcił film biograficzny o Larrym Flyncie, twórcy magazynu pornograficznego Hustler. Obraz starał się zdefiniować granice swobodnej wypowiedzi i wolności słowa, wzbudził kontrowersje w wielu krajach swoim śmiałym plakatem. Film zdobył Złotego Niedźwiedzia na 47. MFF w Berlinie w 1997 i był dwukrotnie nominowany do Oscara (w tym za najlepszą reżyserię).
W 1999 powstała kolejna biografia, film poświęcony amerykańskiemu komikowi Andy’emu Kaufmanowi, Człowiek z księżyca. Film nie odniósł sukcesu, doceniono natomiast kreację Jima Carreya w tytułowej roli. W 2006 Forman nakręcił swój ostatni film, Duchy Goi, ukazującą m.in. postać Francisca Goi.
Forman zasiadał w jury konkursu głównego na 25. MFF w Cannes (1972). Przewodniczył obradom jury na 38. MFF w Cannes (1985) oraz na 57. MFF w Wenecji (2000).
W 2009 powstał dokumentalny film produkcji czeskiej Miloš Forman: Co cię nie zabije (czes. Miloš Forman: Co tě nezabije) w reżyserii Miloša Smídmajera opisujący wybory życiowe i artystyczne Formana.
Zmarł 13 kwietnia 2018 w szpitalu w Warren, w otoczeniu najbliższych, po krótkiej chorobie.