Jednostki podporządkowane Robert Koch-Institut (RKI) to centralna jednostka federalna w zakresie zdrowia publicznego i narodowy instytut zdrowia publicznego. Instytut analizuje, ocenia i prowadzi badania nad chorobami o dużym zasięgu i znaczeniu zdrowotnym. Odgrywa również rolę systemu wczesnego ostrzegania wobec nowych zagrożeń zdrowotnych. RKI prowadzi także stałe komisje naukowe, w tym Stałą Komisję ds. Szczepień (STIKO), odpowiada za koordynację sprawozdawczości zdrowotnej oraz nadzoruje użycie ludzkich komórek embrionalnych.
Paul-Ehrlich-Institut (PEI) odpowiada za bezpieczeństwo i dostępność skutecznych biomedykamentów. Jego kompetencje obejmują dopuszczanie do obrotu, konsultacje naukowe, nadzór nad badaniami klinicznymi, kontrolę produktów i ocenę skutków ubocznych. Instytut nadzoruje szczepionki, immunoglobuliny, preparaty komórek macierzystych, leki krwiopochodne, alergeny, tkanki oraz nowoczesne terapie, jak terapia genowa. Jego badania służą jakości, skuteczności i bezpieczeństwu terapii biotechnologicznych.