Maszyna od razu zyskała ogromną sympatię walczących żołnierzy i latających nią załóg. Była łatwa w pilotażu, a co najważniejsze, bardzo odporna na nieprzyjacielski ostrzał. Udokumentowane jest jedno zestrzelenie J.I, kiedy to bezpośrednie trafienie z ziemi uszkodziło linki sterowania lotkami. Samoloty z racji posiadanego opancerzenia przezywano latającymi czołgami lub z racji pełnionych zadań Möbelwagen (wóz meblowy). Potwierdzeniem ogromnej odporności samolotu był fakt wysłania do naprawy jednego ze skrzydeł maszyny dopiero po 400-krotnym trafieniu. Drobne przestrzeliny ignorowano, większe naprawiano bezpośrednio na lotniskach przy użyciu zestawu naprawczego, który wchodził w skład wyposażenia samolotu. J.I brał udział w walkach do zakończenia wojny.
Produkcja samolotów następowała jednak powoli z powodu słabego doświadczenia i organizacji pracy w fabryce Junkersa. W październiku 1917 Junkers z tego powodu był zmuszony wejść we współpracę z Fokkerem. Do końca wojny zamówiono 283 samoloty u Junkersa, z czego do zakończenia produkcji w styczniu 1919 zbudowano 227 (część po zakończeniu działań zbrojnych).