Służba w przejściu pełniona jest w zależności od natężenia ruchu pociągów.
Miejscem odprawy granicznej są 4 tory szerokie o prześwicie 1520 mm oraz 3 tory normalne o prześwicie 1432 mm. Linia kolejowa szerokotorowa nr 116 łączy Werchratę za pośrednictwem Rawy Ruskiej ze Lwowem. Po stronie polskiej linia kolejowa nr 101 łączy Werchratę z Muniną – od strony południowej i z Zamościem – od strony północnej.
Od 12 października 2025 System Entry/Exit System (EES) działa w pełnym zakresie na przejściu granicznym Przemyśl-Mościska. To zautomatyzowany system informatyczny służący do rejestrowania obywateli państw trzecich podróżujących w celu pobytu krótkoterminowego za każdym razem, gdy przekraczają oni granice zewnętrzne krajów europejskich korzystających z tego systemu. System ten objął wszystkie 71 przejść granicznych w Polsce (drogowe, kolejowe, lotnicze i morskie), rejestrując cyfrowo obywateli państw spoza UE.
Administratorem kolejowego przejścia granicznego jest Wojewoda Podkarpacki, zaś bezpośrednią opiekę sprawuje Zakład Obsługi Przejść Granicznych z siedzibą w Korczowej.