W 1566 król Polski Zygmunt II August utworzył województwo mścisławskie.
W 1601 miejscowe duchowieństwo prawosławne przyjęło unię brzeską z kościołem rzymskokatolickim. W 1634 dla dyzunitów powołano prawosławne biskupstwo mścisławskie, mohylewskie i orszańskie z siedzibą w Mohylewie. Miejscowe struktury Kościoła rzymskokatolickiego podlegały od 1634 diecezji smoleńskiej. Także w 1634 roku miasto otrzymało od króla Władysława IV prawa miejskie magdeburskie oraz herb. Przed najazdem moskiewskim w połowie XVII w. miasto miało około 30 tys. mieszkańców.
thumb|left|Kościół Jezuitów po przebudowie na sobór św. Mikołaja W czasie wojny polsko-rosyjskiej 1654-1667 wojska rosyjskie w 1654 splądrowały miasto, dokonując tzw. rzezi Trubeckiego. W 1661 roku miasto zostało odzyskane przez Rzeczpospolitą. W 1676 roku Sejm na wniosek wojewody Jana Ogińskiego zatwierdził potrzebę odbudowania twierdzy. W XVIII wieku miasto zostało przebudowane wg planów J.K.Glaubitza.
Miejsce obrad sejmików ziemskich województwa mścisławskiego od XVI wieku do pierwszej połowy XVIII wiekuWojciech Kriegseisen, Sejmiki Rzeczypospolitej szlacheckiej w XVII i XVIII wieku, Warszawa 1991, s.