W latach 1559–1630 kościół był zamieniony na kościół luterański, którego ostatnim pastorem był Jerzy Trzanowski – kaznodzieja i pisarz religijny. Potem przywrócono go siłą katolikom, ale spalił się doszczętnie w 1659 r. Po pożarze został przebudowany sumptem bielskiego barona Juliusza Gotlieba Sunnegha, który ufundował także nowe, barokowe wyposażenie. Kościół stał się miejscem pochówków tej luterańskiej węgierskiej rodziny.
W 1682 r. bielska świątynia została obrabowana przez powstańczy oddział węgierski pod wodzą Imre Thökölego, który zabił przed kościołem proboszcza Krzysztofa Buriana.
Zniszczony pożarem w 1750 r., kiedy to piorun stopił dzwon, zegar wieżowy i spalił dach, odbudowany został w latach 1751–1756. W 1783 r. zlikwidowano otaczający kościół cmentarz, a w 1808 r. kościół padł ofiarą kolejnego pożaru.
Od 1752 r. kolatorami kościoła byli książęta bielscy – Sułkowscy. Książę Jan Nepomucen ufundował w latach 1815–1822 nowe, barokowo-klasycystyczne wyposażenie, które przetrwało do lat 60. XX wieku.
W latach 1909–1912 dokonano, według projektu architekta wiedeńskiego Leopolda Bauera, gruntownej przebudowy przez rozszerzenie nawy i wzniesienie fasady w stylu art déco z elementami neoromańskimi z wysoką wieżą (61 m).