W maju 1992, gdy siły ormiańskie kontrolowały już cały Górski Karabach, prezydent Armenii zaapelował do ONZ o skierowanie na jego terytorium sił pokojowych w miejsce wycofanych wojsk radzieckich, twierdząc, że obecność sił stabilizacyjnych jest niezbędna dla zapewnienia Ormianom bezpieczeństwa. Usprawiedliwiał dokonywanie czystek etnicznych na Azerach, ich wypędzenie z Armenii, uznając je za przejaw prawa Ormian do samostanowienia. Szowinistyczne hasła głoszone w mediach usprawiedliwiał z kolei koniecznością respektowania zasad wolności wypowiedzi.
Ter-Petrosjan nie zdecydował się na uznanie Górskiego Karabachu. Wyszedł z założenia, że jeśli Armenia będzie pierwszym krajem uznającym nowe państwo na arenie międzynarodowej, gest ten zostanie źle odebrany przez społeczność międzynarodową i nie posłuży interesom ormiańskim na Kaukazie. Stanowisko to stało się przyczyną ostrego konfliktu prezydenta z ormiańskimi nacjonalistami, w tym z Armeńską Federacją Rewolucyjną (dasznakami). Stanowczo sprzeciwiali się oni próbom porozumienia z Azerbejdżanem, dążąc do szybkiego i jednostronnego rozstrzygnięcia sporu – wcielenia regionu do Armenii. Atakowany przez dasznaków Ter-Petrosjan zareagował wydaleniem z kraju przywódcy partii, Hrajra Maruchiana, którego oskarżył o współpracę z KGB.