Historia SN 18 listopada 1990 r. zwołano Krajowy Zjazd Delegatów SN. Pierwszym po reaktywacji Prezesem partii został Stefan Jarzębski (którego w listopadzie 1990 r. zastąpił Józef Więcławek), a przewodniczącym Rady Naczelnej Bronisław Ekert (od kwietnia 1991 r. Maciej Giertych). Do czołowych działaczy Stronnictwa należeli także: Zdzisław Krzemiński, Tadeusz Radwan, Bogusław Jeznach, Jan Michalik, Bogusław Rybicki, Wiesław Łęczycki. Reaktywowane SN zostało zarejestrowane sądownie 21 sierpnia 1990. W wyborach prezydenckich 1990 r. Stronnictwo poparło kandydaturę Romana Bartoszcze. W wyborach parlamentarnych, które odbyły się 27 października 1991, Stronnictwo Narodowe uzyskało 74 082 głosy, tj. 0,66% poparcia.
W 1992 w partii doszło do rozłamu, w którego wyniku część działaczy na czele z Bogusławem Rybickim powołała Stronnictwo Narodowe „Ojczyzna”. Zapoczątkowało to długotrwały kryzys SN. W wyborach 1993 r. działacze SN wystartowali do Sejmu z listy Unii Polityki Realnej, która uzyskała 3,18% głosów i nie zdobyła żadnego mandatu. W czerwcu 1997 partia weszła w skład koalicji Blok dla Polski, która uzyskała 1,36% głosów i nie zdobyła żadnego mandatu.