Pod panowaniem arabskim miasto było zamieszkane przez ludność arabską.
Historia najnowsza W 1909 mieszkańcy powołali do życia lokalną radę, która w 1945 przekształciła się w radę miejską. Podczas I wojny światowej w mieście osiedliło się kilka rodzin żydowskich usuniętych z Tel Awiwu przez władze tureckie. Pod koniec 1917 na teren Palestyny wkroczyły wojska brytyjskie, a następnie w 1922 utworzono Mandat Palestyny.
29 listopada 1947 Zgromadzenie Ogólne Organizacji Narodów Zjednoczonych przyjęło Rezolucję nr 181 o podziale Palestyny na dwa państwa: żydowskie i arabskie. Miasto Kalkilja miało znaleźć się w państwie arabskim, jednak podczas wojny izraelsko-arabskiej w 1948 zostało zajęte przez Jordańczyków. W ramach podpisanego 4 kwietnia 1949 zawieszenia broni izraelsko-jordańskiego, Kalkilja znalazła się pod kontrolą Jordanii.
W 1948 w Kalkilji znalazły schronienie tysiące uchodźców palestyńskich, którzy zamienili jedną z dzielnic miasta w istniejący do dzisiaj nieformalny obóz uchodźców. Nazywający samych siebie ludem z Kefar Sawa uchodźcy otrzymują międzynarodową pomoc humanitarną za pośrednictwem organizacji UNRWA.