Zamiarem Filipa było uzyskanie dla Albrechta arcybiskupstwa Toledo, jednak arcybiskup Gaspar de Quiroga y Vela żył dłużej niż się tego spodziewano i Albrecht został arcybiskupem i prymasem Hiszpanii dopiero w 1594, pomimo nieprzyjęcia sakry biskupiej. Urząd ten sprawował do 1598.
Po podboju Portugalii Filip mianował Albrechta w 1583 r. tamtejszym wicekrólem. Równocześnie Albrecht został mianowany papieskim legatem w Portugalii i Wielkim Inkwizytorem. W czasie swojego urzędowania Albrecht wniósł pewien wkład w tworzenie Wielkiej Armady w 1588 r. a rok później musiał odpierać angielski atak na Lizbonę. W 1593 r. król Filip odwołał go do Madrytu. W 1595 r. Albrecht został wysłany do Niderlandów, gdzie miał objąć funkcję namiestnika.
Albrecht przybył do Brukseli 11 lutego 1596 r. Głównym zadaniem Albrechta było powstrzymanie postępów angielsko-francusko-niderlandzkiej koalicji. Rok 1596 przyniósł Hiszpanom znaczne sukcesy. Albrecht zdobył Calais i Ardres oraz odbił z rąk Holendrów Hulst. Sukcesy militarne zostały jednak zmarnowane, gdyż w tym samym roku Hiszpania ogłosiła bankructwo. 1597 r. to czas dotkliwych porażek. Stadhouder Republiki Zjednoczonych Prowincji, Maurycy Orański, zdobył szereg kluczowych strategicznie hiszpańskich fortec na północy, m.in. Rheinberg w elektoracie Kolonii.