Po upadku powstania Werner powrócił do działalności zawodowej. Niebawem dorobił się własnej apteki i wkrótce własnego domu z dużą apteką na ul. Długiej nr hip. 544. Zrobił w szybkim tempie znamienitą karierę w służbie zdrowia Kongresówki: już w r. 1832 otrzymał nominację na asesora farmacji, potem został radcą w Radzie Lekarskiej (utworzonej po rozwiązaniu UW, posiadającej prawo nadawania i nostryfikacji doktoratów), od 1840 był kierownikiem katedry farmacji w Szkole Farmaceutycznej i od 1857 do śmierci profesorem katedry farmacji w warszawskiej Akademii Medyko-Chirurgicznej i następnie w Szkole Głównej. Działał także w prawodawstwie służby zdrowia – sformułował ogłoszoną w roku 1839 ustawę regulującą działalność aptek, drogerii i składów farb, z co cesarz Mikołaj I nadał mu brylantowy pierścień oraz herb Miron.
Został również odznaczony orderem św. Stanisława.
Życie prywatne Werner ożenił się z Henriettą z Meissnerów (1813–1896) i miał z nią m.in. syna Fryderyka Emila, znanego farmaceutę i przedsiębiorcę warszawskiego.
Wernerowie zostali pochowani na cmentarzu ewangelickim w Warszawie (Al. F nr 38)śp. FRANCISZEK FERDYNAND WERNER. mały|Grób prof.