Po zajęciu przez Michała Walecznego Siedmiogrodu, a następnie po wkroczeniu do Transylwanii wojsk habsburskich, zdecydował się podjąć walkę z okupantem i rozpoczął przygotowania do wywołania powstania narodowego.
Powstanie Bocskaya
W 1604, pod pretekstem walki z nadużyciami i gwałtami austriackiego komendanta Koszyc, Stefan Bocskay pozyskał dla swojej sprawy hajduków i z ich pomocą utworzył powstańczą armię, zorganizowaną na wzór szeklerów. Przekonał do siebie szlachtę, a nawet niektórych magnatów. Zjednał sobie chłopów i protestanckich mieszczan, którym obiecał nowe prawa i przywileje. Wkrótce rozpoczął również potajemne negocjacje z Turcją.
15 października 1604, w bitwie pod Álmosd, pokonał wojska habsburskie i podporządkował swojej władzy Słowację. Po zdobyciu Koszyc otrzymał od sułtana tureckiego akceptację do objęcia tronu w Siedmiogrodzie. 21 lutego 1605 sejm siedmiogrodzki w Mediaș wybrał go księciem Siedmiogrodu i Węgier. Dążąc do zjednoczenia kraju, Stefan Bocskay zaczął zabiegać o tytuł królewski. W tym celu prowadził dalsze negocjacje z Ahmedem I.