Pracował tam w latach 1898–1927 jako dyrektor oraz profesor zwyczajny psychiatrii na Wydziale Medycznym Uniwersytetu Zuryskiego.
11 kwietnia 1901 ożenił się z Hedwig Waser (1869–1940). Mieli pięcioro dzieciChristian Scharfetter: Eugen Bleuler, 1857-1939: Polyphrenie und Schizophrenie. vdf Hochschulverlag AG, 2006 s. 30. Syn Manfred Bleuler (1903–1994) był również psychiatrą, następcą Eugena na katedrze w Zurychu.
Dorobek naukowy Bleuler znany jest przede wszystkim dzięki temu, że w 1911 opisał jako jednostkę chorobową schizofrenię (Dementia praecox oder Gruppe der Schizophrenien) – w ten sposób pojęcie to zastąpiło używane wówczas, spopularyzowane przez Emila Kraepelina pojęcie dementia praecox. Bleuler wyróżnił cztery osiowe objawy schizofrenii. Podejście Bleulera znacząco poszerzyło granice choroby, uwzględniając postaci zaburzeń o objawach słabo wyrażonych i bardziej nasilonych (schizofrenia utajona i schizofrenia prosta).
Wprowadził do psychiatrii pojęcia: autyzmu i ambiwalencji.