Armia Teksasu W roku 1836 zaciągnął się do Armii Teksasu (w stopniu szeregowca) i brał udział w wojnie wyzwoleńczej. Zaledwie miesiąc po swoim wstąpieniu do tejże armii został adiutantem w stopniu majora, a 31 stycznia 1837 został promowany do stopnia generała brygady. 7 lutego 1837 roku wziął udział w pojedynku o przywództwo nad całą Armią Teksasu - jego przeciwnikiem był generał Felix Huston. Odmówił oddania strzału (został ranny). Drugi prezydent Republiki Teksasu Mirabeau Buonaparte Lamar mianował go Sekretarzem Wojny 22 grudnia 1838 roku. Johnston odpowiadał za przygotowanie do obrony granic Teksasu przed inwazją ze strony Meksyku. W 1839 roku prowadził kampanię przeciw Indianom w północnym Teksasie. W roku 1840 zrezygnował z pełnionych funkcji i wrócił do Kentucky, gdzie w roku 1843 poślubił Elizę Griffin. Razem osiedlili się na terenie Brazoria County w Teksasie.