Od połowy lat 50. zwiększyło się osadnictwo białych Portugalczyków. Na gruncie sprzeciwu wobec tego zaczął kształtować się ruch wyzwoleńczy. W 1962 roku utworzony został Front Wyzwolenia Mozambiku (FRELIMO). Rok później z tejże organizacji wyłamał się Afrykański Zjednoczony Front Ludowy, który w 1965 roku powołał Rewolucyjny Komitet Mozambiku. Niemniej jednak przewaga w ruchu niepodległościowym należała do FRELIMO które w 1964 roku rozpoczęło antyportugalską wojnę partyzancką. Rebelia wsparta została przez Tanzanię, Algierię, Zjednoczoną Republikę Arabską, Zambię i kraje socjalistyczne. Krwawe tłumienia powstania przyczyniły się do masowej emigracji Mozambijczyków do państw ościennych, głównie Tanzanii i Zambii. Do 1974 roku FRELIMO przejęło kontrolę nad 1/3 kraju a na wyzwolonych obszarach tworzyło lokalną administrację. Po rewolucji goździków w Portugalii, rząd rewolucyjny zapowiedział przyznanie Mozambikowi niepodległości.