Trzy lata po jego urodzeniu wybuchła we Francji rewolucja, w czasie której Kościół podlegał ostrym prześladowaniom. W jej trakcie niszczono kościoły, zwalano posągi świętych oraz przydrożne krzyże, likwidowano klasztory i przykościelne szkoły. Wielu duchownych poniosło wtedy śmierć. Nowe władze zmuszały księży do składania przysięgi na Konstytucję Cywilną Kleru, która oznaczała faktyczne zerwanie z Kościołem Katolickim. Książa, którzy odmówili złożenia przysięgi ryzykowali życie. Proboszcz Dardilly, Jakub Rey, który początkowo złożył przysięgę, ale po dekrecie papieskim, tego zakazującym, ją odwołał, musiał się ukrywać w obawie o życie. Przez jakiś czas w Dardilly działał nowy proboszcz mianowany przez władze. Potem decyzją władz kościół został zamknięty.
W tym okresie ukrywający się w okolicy kapłani często odwiedzali dom rodziny Vianneyów. Niekiedy odprawiali tam potajemnie mszę świętą i udzielali sakramentów. Było to ryzykowne zarówno dla nich, jak i dla rodziny Vianneyów, gdyż zgodnie z obowiązującym prawem: kapłan, odmawiający złożenia przysięgi miał zostać aresztowany i stracony na gilotynie w ciągu doby. Z kolei osoba udzielająca mu schronienia miała zostać zesłana do Gujany.