Nastąpiła zmiana terenu działania batalionu od maja do sierpnia 1939 rozformowano kompanie ON „Brzeszcze” i „Kęty”, w ich miejsce sformowano nowe kompanie ON „Bieruń Stary” i ON „Libiąż”.
W dniach 24-25 sierpnia 1939 roku, zgodnie z planem mobilizacyjnym "W", skład osobowy Oświęcimskiego batalionu ON stał się zawiązkiem dla batalionu piechoty typu specjalnego nr 52, mobilizowanego w alarmie, w grupie jednostek oznaczonych kolorem żółtym przez 3 pułk Strzelców Podhalańskich w Bielsku.
Baon piechoty typ spec. nr 52 został włączony w skład 203 pułku piechoty jako II batalion.
Batalion piechoty spec. nr 52 w kampanii wrześniowej W dniach 1, 2 i do rana 3 września 1939 batalion walczył w ramach zgrupowania 201 pp rez. Od godzin porannych 3 września włączony do macierzystego 203 pp rez.. 1 września batalion bronił się w rejonie Kobiora. 1 i część 3 kompanii obsadziła umocnienia na południe od miejscowości, pozostałość 3 kompanii i kompania ckm znajdowała się w rejonie tartaku, a w odwodzie, za kościołem, stanęła 2 kompania. Około godz. 12.00 od zachodu dotarły pod miasto niemieckie patrole rozpoznawcze. Dwa plutony z odwodowej 2 kompanii odrzuciły nieprzyjaciela. Rano, 2 września, wysunięta placówka z 1 kompanii odparła pierwsze niemieckie natarcie.