Latem 1995 Vítor Paneira odszedł z Benfiki na skutek kłótni z trenerem klubu Arturem Jorge. Jego nowym zespołem została Vitória SC. W Vitórii także był uważany za gwiazdę zespołu i w 1998 roku doprowadził ten klub do 3. miejsca w historii. W sezonie 1998/1999 wystąpił bez sukcesów w Pucharze UEFA, a z klubu odszedł po 4 latach gry w nim. Latem 1999 został piłkarzem Académiki Coimbra, w której spędził 2 lata grając w 2. lidze, a latem 2001 zdecydował się zakończyć piłkarską karierę w wieku 35 lat.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1985/86 FC Famalicão
Liga de Honra ? ? 1986/87 FC Famalicão
Liga de Honra ? ? 1987/88 FC Vizela
Liga de Honra ? ? 1988/89 SL Benfica
SuperLiga 32 1 1989/90 SL Benfica
SuperLiga 26 3 1990/91 SL Benfica
SuperLiga 36 9 1991/92 SL Benfica
SuperLiga 29 0 1992/93 SL Benfica
SuperLiga 28 6 1993/94 SL Benfica
SuperLiga 32 6 1994/95 SL Benfica
SuperLiga 24 3 1995/96 Vitória SC
SuperLiga 30 5 1996/97 Vitória SC
SuperLiga 33 7 1997/98 Vitória SC
SuperLiga 33 2 1998/99 Vitória SC
SuperLiga 32 1 1999/00 Académica Coimbra
Liga de Honra 28 2 2000/01 Académica Coimbra
Liga de Honra 16 0