W czerwcu 1913 opuściła Lwów udając się na leczenie do Zakopanego. Przybyli tam również Andrzej Małkowski i ks. Kazimierz Lutosławski, który udzielił im ślubu 19 czerwca. Po wyleczeniu nacieku w płucu Olga Małkowska założyła i prowadziła w Zakopanem harcerstwo żeńskie, od sierpnia 1914 (gdy Małkowski po wybuchu I wojny światowej wyruszył do Legionów), również drużynę męską. Po zabraniu do wojska austriackiego listonoszy i górali zorganizowała skautową pocztę, pomoc żniwną dla góralek, ochronkę dla opuszczonych dzieci i skautową straż porządkową pełniącą nocną służbę. Równolegle do ochronki powstała „Herbaciarnia”, miejsce, w którym skautki podawały tanio lub bezpłatnie jedzenie dla ubogich i zapewniały opiekę dzieciom z okolicy, gdy ich domy nie były opalane. W niedziele skautki urządzały przedstawienia lalkowego teatrzyku, który był ilustracją do opowiadań czytanych przez Olgę. Pod jej komendą skauci stworzyli tajne składy broni w górach: w Dolinie Kościeliskiej, na Hali Pysznej, w Dolinie Roztoki, w Murzasichlu i w grotach Nosala.