Wojny napoleońskie Podczas wojen napoleońskich von Gneisenau awansowany na majora brał udział w bitwach pod Saalfeld/Saale (1806) i pod Jeną (1806). Krótko potem został dowódcą brygady korpusu Antoniego Wilhelma Lestocqa, a w kwietniu 1807 roku komendantem Kołobrzegu. Obrona tej twierdzy (oblężenie Kołobrzegu), którą von Gneisenau postanowił utrzymać w rękach pruskich za wszelką cenę stała się najważniejszą bitwą jego życia oraz stworzyła jego legendę jako znakomitego dowódcy. Otworzyła też przed Gneisenauem drogę do kariery i najwyższych stopni wojskowych. 25 lipca 1807 roku został powołany do komisji reorganizacyjnej Gerharda von Scharnhorsta. 17 sierpnia 1807 roku za obronę Kołobrzegu otrzymał od króla pruskiego order Pour le Mérite. 26 sierpnia 1807 roku awansował na podpułkownika. W 1808 powołany został na inspektora twierdz i szefa korpusu inżynierów. W 1809 roku został powołany do departamentu artylerii i inżynierii. Otrzymał awans na pułkownika.