Z powodu oskarżenia go o zbrodnie wojenne w Baczce w styczniu 1944 r. wyjechał do Niemiec. 1 marca wstąpił do Waffen-SS w stopniu SS-Gruppenführera. Służył w XIII lazarecie wojskowym SS w Wiedniu, a następnie w lazarecie w Semmering. Jednocześnie wystąpił do Reichsführera SS Heinricha Himmlera z pomysłem utworzenia węgierskich jednostek Waffen-SS. W rezultacie Niemcy rozpoczęli formowanie 25 Dywizji Grenadierów SS „Hunyadi” i 26 Dywizja Grenadierów SS „Hungaria” oraz XVII Korpusu Armijnego SS (węgierskiego). Natomiast Ferenc Fékétehalmy-Czeydner od 1 lipca 1944 r. był przydzielony do sztabu II Korpusu Pancernego SS. Przywrócony do węgierskiego wojska 1 listopada został zastępcą szefa sztabu w ministerstwie obrony. W marcu 1945 r. stanął na czele stopniowo formowanego XVII Korpusu Armijnego SS w stopniu SS-Obergruppenführera, zdając 4 maja dowództwo SS-Obergruppenführerowi Jenő Ruszkay-Ranzenbergerowi. Po kapitulacji Niemiec dostał się do niewoli amerykańskiej.
W lipcu przeniesiono go do Norymbergi, a następnie przekazano władzom węgierskim. 22 maja 1946 r. po procesie został skazany na karę śmierci.