Jako kościół garnizonowy funkcjonowała nie tylko w okresie monarchii austro-węgierskiej, ale także w okresie I Republiki Czechosłowackiej, a następnie krótko również po II wojnie światowej. W międzyczasie w latach 1916–1918 administracja wojskowa zleciła całkowitą renowację wnętrza świątyni, którą przeprowadzono pod kierunkiem architekta Dušana Jurkoviča. W 1952 roku kościół stał się własnością miasta, które zarządzało nim do czasu upadku reżimu komunistycznego. Nabożeństwa odprawiane były tam jedynie w niedziele, świątynia pod względem kościelnym podlegała parafii św. Wacława. W 1990 roku obiekt został zwrócony Kościołowi w osobie arcybiskupstwa ołomunieckiego, które następnie w 2007 roku przekazało go na własność nowo utworzonej parafii akademickiej.
W latach 90. XX w. odnowione zostały fasady obiektu.
Architektura i wyposażenie Kościół murowany, nieorientowany, wzniesiony w stylu dojrzałego baroku. Okazała, salowa budowla, architektonicznym rozwiązaniem fasady i rozplanowaniem świątyni oraz dekoracją jej wnętrza nawiązuje do innych świątyń jezuickich z tego okresu.