W okresie planowania gnieźnieńskiej synagogi w 1582 postanowiono o odzwierciedleniu architektonicznym poznańskiej Starej Synagogi z dominującą salą męską i dostawionym przedsionkiem. Ta informacja pozwala stwierdzić, że sale kobiece zostały dobudowane w okresie późniejszym, ale jeszcze w XVI w., w którym to pojawiła się tendencja dodawania sal dla kobiet, która na początku XVII w. była już nagminnie przestrzeganą normą.
Bożnica została zniszczona przez pożar miasta w 1590. Spłonęła ponownie w 1613, jeszcze w trakcie jej odbudowy, którą ukończono dopiero w 1618. W międzyczasie do północnej ściany jej babińca dobudowano nową synagogę, a w 1735 Synagogę Nehemiasza. Wszystkie ucierpiały rok później, w 1736 roku, gdy na skutek ulewnych deszczów Warta wystąpiła ze swojego koryta i zalała znaczną część miasta, w tym synagogi i 34 domy mieszkalne przy ulicy Żydowskiej. Prawie 30 lat później, w 1764 roku, zespół synagog i 76 domów żydowskich uległo zniszczeniu podczas wielkiego pożaru miasta. Ze względu na zadłużenie gminy, ponad 30 instytucji z całej Polski zainwestowało na procent w rekonstrukcję zabudowy. Wśród nich znajdował się m.in. Klasztor Cysterek w Owińskach, Klasztor karmelitów bosych w Warszawie, Parafia św. Marcina w Poznaniu i Kolegiata św.