W 1826 roku przeniósł się do Londynu, gdzie zdołał zebrać fundusze potrzebne do opublikowania książki The Birds of America oraz towarzyszącej jej pozycji Ornithological Biographies – historii każdego gatunku napisanej razem ze szkockim ornitologiem . Obie książki zostały opublikowane między 1827 i 1839 rokiem. The Birds of America to czterotomowe dzieło wydane w 170 egzemplarzach (do dziś zachowało się około 120). Jeden z egzemplarzy został w 2012 roku sprzedany na aukcji w Nowym Jorku za niemal 8 milionów dolarów, a rok wcześniej inny egzemplarz osiągnął w Londynie cenę 11,5 miliona dolarów8 mln dolarów za książkę o ptakach..
Audubon kontynuował swoje wyprawy po Ameryce Północnej, gdzie zakupił posiadłość nad rzeką Hudson, obecnie znaną jako Audubon Park. W 1842 opublikował popularne wydanie Birds of America. Jego późniejsze prace dotyczyły ssaków – praca Viviparous Quadrupeds of North America – którą ukończyli jego synowie i zięć.
Audubon został pochowany w Trinity Churchyard Cemetery, przy 155th Street and Broadway na Manhattanie, w Nowym Jorku.