Flora regionu jest zróżnicowana w zależności od rzeźby, gleb i klimatu. Występują lasy liściaste lipowo-grabowe i bukowo-jodłowe (Roztocze Zachodnie), bory jodłowe (Roztocze Środkowe), bory sosnowe (Roztocze Środkowe i Wschodnie).
Cały obszar Roztocza został w 2010 wyszczególniony przez BirdLife International jako ostoja ptaków . Wszystkie gatunki uwzględnione spełniają kryterium C1 – zagrożone w skali światowej (jedynie derkacz Crex crex), lub C6 – zagrożone w skali europejskiej. Do tych drugich należą bocian czarny (Ciconia nigra), trzmielojad zwyczajny (Pernis apivorus), orlik krzykliwy (Aquila pomarina), puszczyk uralski (Strix uralensis), dzięcioł białogrzbiety (Dendrocopos leucotos), dzięcioł czarny (Dryocopus martius), jarzębatka (Sylvia nisoria) oraz muchołówka mała (Ficedula parva).
Parki narodowe i krajobrazowe W Polsce Roztoczański Park Narodowy Krasnobrodzki Park Krajobrazowy Park Krajobrazowy Lasy Janowskie Park Krajobrazowy Puszczy Solskiej Południoworoztoczański Park Krajobrazowy Szczebrzeszyński Park Krajobrazowy
Na Ukrainie Jaworowski Narodowy Park Przyrodniczy Park Przyrodniczy „Rezerwat Roztocze” Regionalny Park Krajobrazowy Roztocze Rawskie Regionalny Park Krajobrazowy Zniesienie