Regularnie wystawiał swoje obrazy w Towarzystwie Przyjaciół Sztuk Pięknych w Krakowie m.in. „Zdrowie narzeczonych” (1888), „Przed egzaminem” (1890), „Umizgi” (1890), „W pracowni” (1893), „Odpoczynek” (1897). W latach 1894–1895 Kotowicz brał udział w malowaniu studiów pejzażowych do Panoramy Tatr. Była to wyjątkowa, ponieważ jedyna widokowa (a nie historyczna) polska panorama. W jej tworzeniu, oprócz Apolinarego Kotowicza brali udział Antoni Adam Piotrowski, Ludwig Boller, Stanisław Janowski, Stanisław Radziejowski, Kacper Żelechowski i Teodor Axentowicz. Pomysłodawcami powstania tego monumentalnego obrazu byli: Włodzimierz Tetmajer i Wincenty Wodzinowski. Projekt finansował Ludwik Lgocki. Budynek przeznaczony na panoramę stanął na warszawskich Dynasach. Premierowy pokaz odbył się 21 września 1896 roku. W trzy lata później Panorama zbankrutowała, a płótna zostały zakupione przez Jana Stykę.