SOE nie było w pełni samodzielne – uzależnione było operacyjnie od brytyjskiego lotnictwa i marynarki, materiałowo od ministerstwa wojny, politycznie od ministerstwa spraw zagranicznych, strategicznie podlegało Komitetowi Szefów Sztabu Imperialnego.
SOE współpracowało z Royal Navy, z jednostką wyposażoną w mały zespół okrętów nawodnych i podwodnych, które używane były np. do przerzucania agentów i sprzętu do krajów okupowanych takich jak Francja, Norwegia, Włochy, Jugosławia i Grecja. SOE korzystało także z usług RAF, samolotów ze 138 i 161 dywizjonów bombowych RAF. SOE ściśle współpracowało również z utworzonym w czerwcu 1942 roku Biurem Służb Strategicznych (OSS – Office of Strategic Services), amerykańską agencją wywiadowczą działającą w czasie II wojny światowej na terenie okupowanej Europy i nie tylko, lecz często z takiej współpracy wynikały nieporozumienia i spory między obiema służbami, tak samo było w przypadku współpracy SOE z MI6.
Centrala SOE mieściła się w Londynie, początkowo zajmowała trzy piętra St. Ermin’s Hotel, następnie przeniosła się do budynku przy Baker Street nr 64 pod nazwą Union Trading Company.