XVI wieku powodowały ratowanie się przez chana Hojiego Muhammada I ucieczką do sąsiedniego Iranu.
Panowaniom Arab-Muhammada i Isfandiyara towarzyszyła walka wewnętrzna o władzę z ojcobójstwami, oślepieniami i masowymi rzeziami ludności, a także wykorzystywaniem czynnika zewnętrznego: Iranu lub Buchary. Abu al-Ghazi Bahadur dokonał znaczącej reformy zarządzania państwem, która doprowadziła do relatywnej centralizacji władzy. Podzielił on wszystkie plemiona na cztery grupy: kiyat-kurgancką, uygur-najmańską, kanki-kipczacką i nukuz-mangytską, a do każdej z nich wyznaczył starszych, zwanych inakami, którzy mieli także status jego doradców i poprzez nich rozwiązywał sprawy dotyczące plemion. Z kolei starszyznę turkmeńską, która przyjęła formalne zwierzchnictwo bucharskie, wymordował. W XVII wieku Chiwa, podobnie jak Buchara, podzieliła się faktycznie na malutkie państewka zarządzane przez arystokrację z formalną tylko władzą chana – „chan tylko tytuł chański posiada, ale sprawami chańskimi zajmować się mu nie pozwalają”.