Tukaj-Timurydzi kontynuowali tradycje rządzenia chanatem poprzez jego podział na apanaże wśród członków rodu panującego, co prowadziło do częstych konfliktów wewnętrznych i skutkowało podziałem chanatu na dwa organizmy z ośrodkiem w Bucharze i Balchu w latach 1611–1641 i 1651–1681.
W drugiej połowie XVII wieku państwo pogrążało się w coraz głębszym kryzysie spowodowanym przede wszystkim spadkiem znaczenia tradycyjnych szlaków karawanowych prowadzących przez Azję Środkową. Znaczenie władzy centralnej spadło na rzecz przywódców plemiennych i ostatecznie w pierwszej połowie XVIII wieku faktyczna władza przeszła w ręce wodzów plemienia Mangytów, którzy rządzili w imieniu marionetkowych chanów. Ostatni z nich został zdjęty z tronu w roku 1785 i odtąd Mangyci przejęli władzę także formalnie. Mangyci, ponieważ w przeciwieństwie do Abulchajrydów i Tukaj-Timurydów nie byli Czyngisydami, początkowo nie używali tytułu chana, lecz emira. Począwszy jednak od panowania Nasrullaha (1827–1860) używali zarówno tytułu chana, jak i emira, tak że ich państwo można nazywać zarówno chanatem jak i emiratem. Wykorzystując wzrost dochodów państwa wynikający z postępującego od XVIII wieku rozwoju handlu z Rosją Mangyci przekształcili Chanat Buchary w despotyczną monarchię opartą na zależnej od chana biurokracji.