Mimo że singiel został wydany na początku 2000, to do jego końca utrzymał się w pierwszej 15 list przebojów na Billboard Hot 100, kończąc rok na 12. pozycji.
W kwietniu 2001 wydała singiel „We Need a Resolution”, który nagrała we współpracy z Timbalandem. Pomimo kreatywnego teledysku i nowoczesnego, tajemniczego brzmienia kompozycja ta spotkała się ze średnim sukcesem komercyjnym, docierając do 20 miejsca list przebojów w Wielkiej Brytanii. W rankingu Slant Magazine’s, podsumowującym rok 2001, piosenka została uznana za ósmy najlepszy singiel tego roku, a teledysk do niej – za szósty najlepszy.
Latem 2001 wydała trzeci album pt. Aaliyah.
W sierpniu 2001 wracała z nagrywania teledysku do piosenki „Rock the Boat” z wysp Abaco, na Bahamach. Cessna 402B, którą leciała, rozbiła się od pasa startowego. Zginęło 8 pasażerów (w tym Aaliyah) i pilot Luis Morales III. Według dochodzeń biura koronera na Bahamach, Aaliyah zmarła od poważnych oparzeń ciała i urazu głowy. Dalsze śledztwo prowadzone przez NTSB wskazuje na to, że pilot Luis Morales III nie miał kwalifikacji do pilotażu samolotu tego typu - miał sfałszowaną licencję FAA. Dodatkowo wykryto u niego obecność kokainy oraz alkoholu. Według śledczych samolot piosenkarki mógł być przeładowany o .