W refektarzu klasztornym 30 listopada 1655 roku ogłoszony został uniwersał królewski wzywający naród polski do powstania przeciwko Szwedom. Pożary z 1682 i 1739 roku spowodowały kolejne duże zniszczenia. W trakcie odbudowy wprowadzono do architektury kościoła elementy manieryzmu i baroku, zachowując jednak jej pierwotny, kształt gotycki. Od 1820 roku aż do końca II wojny światowej, świątynia należała do ewangelików. W kościele znajdują się szczątki Piastów Opolskich. Tuż obok świątyni znajduje się klasztor franciszkanów. Podczas ostatniego remontu obok świątyni, pod kostką brukową z herbem Opola, odkryto mogiły, należące prawdopodobnie do żołnierzy rosyjskich z okresu wojen napoleońskich (w kościele był wówczas lazaret).
Architektura i wnętrze kościoła mały|lewo|Wnętrze kościoła Bryła kościoła łączy elementy wczesnogotyckie, późnorenesansowe i barokowe. Wieża pochodzi z końca XV wieku, w 1902 roku nadbudowana została w stylu neobarokowym. Wnętrze świątyni ma charakter halowy, trójnawowy. Do kościoła przylega klasztor franciszkanów. Łącznikiem między kościołem a klasztorem jest kaplica św. Anny, zwana też Piastowską. Po pożarze w II połowie XV wieku drewniany strop kaplicy zastąpiony został trójprzęsłowym sklepienim gwiaździstym.